dae.variants_loaders package

Subpackages

• dae.variants_loaders.cnv package
  • Submodules
  • dae.variants_loaders.cnv.flexible_cnv_loader module
    • flexible_cnv_loader()
  • dae.variants_loaders.cnv.loader module
    • Copy Number Variants (CNV) loader CNVLoader
      • Location of the CNVs
      • Genotype of the CNVs
      • Variant type for CNVs
      • Additional parameters
    • CNVLoader
      • CNVLoader.chromosomes
      • CNVLoader.close()
      • CNVLoader.full_variants_iterator()
      • CNVLoader.parse_cli_arguments()
      • CNVLoader.reset_regions()
  • Module contents
• dae.variants_loaders.dae package
  • Submodules
  • dae.variants_loaders.dae.loader module
    • DaeTransmittedFamiliesGenotypes
      • DaeTransmittedFamiliesGenotypes.family_genotype_iterator()
      • DaeTransmittedFamiliesGenotypes.get_family_read_counts()
    • DaeTransmittedLoader
      • DaeTransmittedLoader.chromosomes
      • DaeTransmittedLoader.close()
      • DaeTransmittedLoader.parse_cli_arguments()
      • DaeTransmittedLoader.variants_filenames
    • DenovoFamiliesGenotypes
      • DenovoFamiliesGenotypes.family_genotype_iterator()
    • DenovoLoader
      • DenovoLoader.chromosomes
      • DenovoLoader.close()
      • DenovoLoader.flexible_denovo_load()
      • DenovoLoader.full_variants_iterator()
      • DenovoLoader.parse_cli_arguments()
      • DenovoLoader.produce_genotype()
      • DenovoLoader.reset_regions()
      • DenovoLoader.split_location()
  • Module contents
• dae.variants_loaders.raw package
  • Submodules
  • dae.variants_loaders.raw.flexible_variant_loader module
    • adjust_chrom_prefix()
    • flexible_variant_loader()
    • location_variant_to_vcf_transformer()
    • variant_to_variant_type()
  • dae.variants_loaders.raw.loader module
    • AnnotationDecorator
      • AnnotationDecorator.CLEAN_UP_COLUMNS
      • AnnotationDecorator.SEP1
      • AnnotationDecorator.SEP2
      • AnnotationDecorator.SEP3
      • AnnotationDecorator.build_annotation_filename()
      • AnnotationDecorator.has_annotation_file()
      • AnnotationDecorator.save_annotation_file()
    • AnnotationPipelineDecorator
      • AnnotationPipelineDecorator.annotation_schema
      • AnnotationPipelineDecorator.close()
      • AnnotationPipelineDecorator.full_variants_iterator()
    • ArgumentType
      • ArgumentType.ARGUMENT
      • ArgumentType.OPTION
    • CLIArgument
      • CLIArgument.add_to_parser()
      • CLIArgument.build_option()
      • CLIArgument.parse_cli_argument()
    • CLILoader
      • CLILoader.build_arguments_dict()
      • CLILoader.build_cli_arguments()
      • CLILoader.cli_arguments()
      • CLILoader.cli_defaults()
      • CLILoader.parse_cli_arguments()
    • EffectAnnotationDecorator
      • EffectAnnotationDecorator.close()
      • EffectAnnotationDecorator.full_variants_iterator()
    • FamiliesGenotypes
      • FamiliesGenotypes.family_genotype_iterator()
    • StoredAnnotationDecorator
      • StoredAnnotationDecorator.decorate()
      • StoredAnnotationDecorator.full_variants_iterator()
    • VariantsGenotypesLoader
      • VariantsGenotypesLoader.full_variants_iterator()
      • VariantsGenotypesLoader.reset_regions()
    • VariantsLoader
      • VariantsLoader.annotation_schema
      • VariantsLoader.chromosomes
      • VariantsLoader.close()
      • VariantsLoader.family_variants_iterator()
      • VariantsLoader.full_variants_iterator()
      • VariantsLoader.get_attribute()
      • VariantsLoader.reset_regions()
      • VariantsLoader.set_attribute()
      • VariantsLoader.variants_filenames
    • VariantsLoaderDecorator
      • VariantsLoaderDecorator.annotation_schema
      • VariantsLoaderDecorator.build_arguments_dict()
      • VariantsLoaderDecorator.build_cli_arguments()
      • VariantsLoaderDecorator.chromosomes
      • VariantsLoaderDecorator.cli_arguments()
      • VariantsLoaderDecorator.cli_defaults()
      • VariantsLoaderDecorator.close()
      • VariantsLoaderDecorator.get_attribute()
  • Module contents
• dae.variants_loaders.vcf package
  • Submodules
  • dae.variants_loaders.vcf.loader module
    • SingleVcfLoader
      • SingleVcfLoader.chromosomes
      • SingleVcfLoader.close()
    • VcfFamiliesGenotypes
      • VcfFamiliesGenotypes.family_genotype_iterator()
    • VcfLoader
      • VcfLoader.chromosomes
      • VcfLoader.close()
      • VcfLoader.parse_cli_arguments()
      • VcfLoader.reset_regions()
      • VcfLoader.variants_filenames
  • Module contents

Module contents